Ruchliwość DNA w swobodnym roztworze w buforach Tris-octan-EDTA
Eksperymenty z klamrą napięcia w mięśniu pokazują, że przewodnictwo chlorkowe w stanie stacjonarnym przy pH 9 pozostaje raczej niezależne od [Cl-]o, dla [Cl-]o w zakresie 165-265 mM. Relacja przewodność-napięcie w stanie ustalonym ma maksimum w pobliżu Vrest -20 mV. Zależność początkowa-przewodność-napięcie uzyskana, gdy napięcie jest odsunięte od stałej wartości kondycjonującej (np. potencjału spoczynkowego) zbliża się do asymptotycznego maksimum dla kroków hiperpolaryzacji i minimum dla kroków depolaryzacji.
Konduktancja spada z czasem, jeśli napięcie testowe jest bardziej ujemne niż potencjał spoczynkowy, ale pozostaje stała, jeśli jest bardziej dodatnie. Gdy napięcie kondycjonowania jest zmienne, a test utrzymywany na stałym poziomie, początkowa przewodność na etapie jest również postrzegana jako sigmoidalna, jeśli etap testu jest hiperpolaryzujący: w przypadku dużych ujemnych etapów kondycjonowania przewodność przy potencjale testowym zbliża się do tej samej wartości asymptotycznej, co relacja stanu ustalonego, niezależna od napięcia testowego.
Przy dodatnich napięciach kondycjonowania zbliża się do maksymalnej asymptoty, która zależy od napięcia testowego.
- Gdy etap testu ma pozytywny przebieg, początkowa przewodność na etapie jest słabo zależna od napięcia kondycjonującego, a dla dużych ujemnych potencjałów kondycjonowania jest większa niż przewidywana na podstawie relacji stanu ustalonego.
- Podsumowując, podczas hiperpolaryzacji skoków napięcia przewodność chlorków wydaje się spadać ze względu na zjawisko „bramkowania”, ale przewodność w stanie otwartym wydaje się zależeć od napięcia, a przy potencjałach błonowych bardziej dodatnich niż spoczynkowych gwałtownie (w czasie ustalania zacisku ) przyjmuje wartość prawie niezależną od jakiegokolwiek poprzedzającego (kondycjonującego) napięcia.
- Ruchliwość w wolnym roztworze DNA o dużej masie cząsteczkowej, liniowego pUC19 i 20-pz oligomeru zwanego dsA5 badano jako funkcję stężenia buforu Tris-octan-EDTA (TAE), z dodatkiem NaCl i bez niego.
- Dwa DNA migrują jako oddzielne piki podczas elektroforezy kapilarnej, ponieważ ruchliwość liniowego pUC19 jest wyższa niż ruchliwość oligomeru 20 pz. W buforach TAE o stężeniu od 10-400 mM czasy migracji i obszary pików dwóch DNA są niezależne od tego, czy są one poddawane elektroforezie oddzielnie czy w mieszaninach, co wskazuje, że w tych roztworach nie występują interakcje DNA-DNA i DNA-bufor.
- Czasy migracji dwóch DNA różnią się, a obszary pików nie sumują się, gdy stężenie buforu TAE jest zmniejszone do 5 mM lub poniżej, co wskazuje, że interakcje DNA-DNA i DNA-bufor występują przy bardzo niskich stężeniach buforu TAE.
- Mobilności liniowych pUC19 i dsA5 zmniejszają się powoli wraz ze wzrostem przewodnictwa lub siły jonowej, gdy przewodnictwo wzrasta przez zwiększenie stężenia buforu TAE. Gdy stężenie buforu Tris jest utrzymywane na stałym poziomie, a przewodnictwo jest zwiększane przez dodanie różnych stężeń NaCl do roztworu, ruchliwości liniowego pUC19 i dsA5 najpierw nieznacznie wzrastają, a następnie uniezależniają się od przewodnictwa roztworu (lub siły jonowej), a na końcu maleją, gdy stężenie NaCl wzrasta powyżej około 50 mM
Zmiany ruchliwości obserwowane w różnych roztworach TAE i TAE-NaCl są opisane jakościowo przez teorię Manninga, chociaż nie osiągnięto zgodności ilościowej.
Zmierzono również ruchliwości w wolnym roztworze jednoniciowego pUC19 i dwóch 20-zasadowych oligonukleotydów.
Ruchliwość w wolnym roztworze jednoniciowego pUC19 jest około 15% niższa niż natywnego pUC19, zgodnie z innymi wynikami w literaturze. Nieco zaskakująco, ruchliwości jedno- i dwuniciowych 20-merów są równe w buforach TAE z dodatkiem NaCl i bez niego.
Mobilności elektroforetyczne cząsteczek DNA w trzech różnych drabinkach masy cząsteczkowej mierzono w żelach poliakrylamidowych zawierających różne stężenia akryloamidu (%T) i współczynnikach sieciowania (%C), odlewano i puszczano w buforze Trisacetate-EDTA (TAE). Pozorny promień porów każdego żelu oszacowano z wykresów Fergusona względnych ruchliwości każdej z cząsteczek DNA, stosując ruchliwość fragmentu monomeru w każdej drabinie masy cząsteczkowej jako ruchliwość odniesienia .
TAE (Tris-Acetate-EDTA) Buffer (50X) |
|||
2116-500 | Biovision | each | 144 EUR |
TBE buffer (Tris-Borate-EDTA), 10x Solution |
|||
A0026 | Bio Basic | 4L | 112.72 EUR |
TBE buffer (Tris-Borate-EDTA), 5x Solution |
|||
A00265 | Bio Basic | 4L | 95.33 EUR |
TEN (Tris/EDTA/NaCl Buffer), pH 7.2 |
|||
GR103029 | Genorise Scientific | 1 L | 109.2 EUR |
TTE (Tris-TAPS-EDTA Buffer) Premix powder |
|||
TD8131 | Bio Basic | 1PK, 10L | 91.32 EUR |
TE Buffer (Tris-EDTA), 10X, pH 7.4 |
|||
USD8211 | Bio Basic | 500ml | 77.23 EUR |
TE Buffer (Tris-EDTA), 50X, pH 7.4 |
|||
USD8212 | Bio Basic | 500ml | 85.06 EUR |
TE Buffer (Tris-EDTA), 100X, pH 7.4 |
|||
USD8214 | Bio Basic | 500ml | 99.67 EUR |
TE Buffer (Tris-EDTA), 100X, pH 8.0 |
|||
USD8311 | Bio Basic | 500ml | 99.67 EUR |
TE Buffer (Tris-EDTA), 100X, pH 8.3 |
|||
USD8411 | Bio Basic | 1000ml | 122.64 EUR |
TE Buffer (Tris-EDTA), 100X pH 7.4 |
|||
18-175 | Genesee Scientific | 500ml/Unit | 362 EUR |
TE Buffer (Tris-EDTA), 10X pH 7.4 |
|||
18-177 | Genesee Scientific | 500ml/Unit | 294 EUR |
TE Buffer (Tris-EDTA), 10X pH 7.4 |
|||
18-178 | Genesee Scientific | 1000ml/Unit | 324 EUR |
TE Buffer (Tris-EDTA), 50X pH 7.4 |
|||
18-181 | Genesee Scientific | 500ml/Unit | 300 EUR |
TE Buffer (Tris-EDTA), 100X pH 8.0 |
|||
18-183 | Genesee Scientific | 500ml/Unit | 362 EUR |
TE Buffer (Tris-EDTA), 100X pH 8.3 |
|||
18-186 | Genesee Scientific | 1000ml/Unit | 429 EUR |
pH9 Buffer Solution 500ml |
|||
HI5009 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 29.64 EUR |
0.5M EDTA |
|||
EDTA-150 | BioAssay Systems | 150 µL | 15 EUR |
Tris-Borate-EDTA buffer (TBE) pH 8.3, 1000 ml |
|||
12-9110-10 | Medicago | 1000 ml | 102 EUR |
Tris-EDTA buffer (TE) 10x pH 7.4, 1000 ml |
|||
12-9154-10 | Medicago | 1000 ml | 208.8 EUR |
TBE buffer (Tris-Borate-EDTA), Premix powder - 1PK(1L) |
|||
A0014 | Bio Basic | 1PK(1L), 1L | 73.06 EUR |
TBE buffer (Tris-Borate-EDTA), Premix powder - 1PK(4L) |
|||
A0024 | Bio Basic | 4L | 95.5 EUR |
Tris EDTA Saline, 10mM Tris HCl , 1mM EDTA, 2M Nacl |
|||
T8059-010 | GenDepot | 100ml | 91.2 EUR |
Tris EDTA Saline, 10mM Tris HCl , 1mM EDTA, 2M Nacl |
|||
T8059-050 | GenDepot | 500ml | 100.8 EUR |
Tris EDTA Saline, 10mM Tris HCl , 1mM EDTA, 2M Nacl |
|||
T8059-101 | GenDepot | 1L | 151.2 EUR |
Tris EDTA Saline, 10mM Tris HCl , 1mM EDTA, 2M Nacl |
|||
T8150-050 | GenDepot | 500 ml | 100.8 EUR |
Tris EDTA Saline, 10mM Tris HCl , 1mM EDTA, 2M Nacl |
|||
T8150-801 | GenDepot | 8L | 144 EUR |
SLS pH Buffer Clear pH9 1L |
|||
PHB1218 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 39.9 EUR |
SLS pH Buffer Clear pH9 500ml |
|||
PHB1324 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 21.99 EUR |
SLS pH Buffer Clear pH9 5L |
|||
PHB1334 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 119.7 EUR |
Mettler Buffer Sachets pH9 21 Pk30 |
|||
PHM0146 | Scientific Laboratory Supplies | PK30 | 70.11 EUR |
Tris-Borate-EDTA buffer (TBE) 5x pH 8.3, 1000 ml |
|||
12-9111-10 | Medicago | 1000 ml | 174 EUR |
Tris-Borate-EDTA buffer (TBE) 10x pH 8.3, 1000 ml |
|||
12-9112-10 | Medicago | 1000 ml | 258 EUR |
Tris-Acetate-EDTA buffer (TAE) 50x pH 8.3, 1000 ml |
|||
12-9144-5 | Medicago | 1000 ml | 606 EUR |
Tris-Acetate-EDTA buffer (TAE) 50x pH 8.3, 500 ml |
|||
12-9145-5 | Medicago | 500 ml | 360 EUR |
0.5M Tris Buffer (pH6.8) |
|||
T8102-010 | GenDepot | 100ml | 96 EUR |
0.5M Tris Buffer (pH6.8) |
|||
T8102-050 | GenDepot | 500ml | 105.6 EUR |
0.5M Tris Buffer (pH6.8) |
|||
T8102-100 | GenDepot | 2x500ml | 121.2 EUR |
10X Tris-Glycine Native Buffer (Transfer buffer) |
|||
T8052-050 | GenDepot | 500ml | 96 EUR |
10X Tris-Glycine Native Buffer (Transfer buffer) |
|||
T8052-100 | GenDepot | 2X500ml | 124.8 EUR |
10X Tris-Glycine Native Buffer (Transfer buffer) |
|||
T8052-101 | GenDepot | 1L | 114 EUR |
10X Tris-Glycine Native Buffer (Transfer buffer) |
|||
T8052-200 | GenDepot | 4X500ml | 153.6 EUR |
10X Tris-Glycine Native Buffer (Transfer buffer) |
|||
T8052-201 | GenDepot | 2X1L | 153.6 EUR |
10X Tris-Glycine Native Buffer (Transfer buffer) |
|||
T8052-401 | GenDepot | 4X1L | 198 EUR |
TT Buffer (Tris-Tricine buffer) Primix powder |
|||
TD8133 | Bio Basic | 1PK, 10L | 91.32 EUR |
10 x TBE (Tris/Borate/EDTA) |
|||
A00269 | Bio Basic | 500ml | 67.63 EUR |
10x Tris-Glycine Buffer Solution |
|||
BA01806 | Bioatlas | 6x100ml | 116.4 EUR |
Tris-Glycine SDS Buffer Pack |
|||
AR1149 | BosterBio | 1L/pack | 66 EUR |
10X Tris-Glycine SDS buffer |
|||
T8053-050 | GenDepot | 500ml | 102 EUR |
10X Tris-Glycine SDS buffer |
|||
T8053-100 | GenDepot | 2X500ml | 133.2 EUR |
10X Tris-Glycine SDS buffer |
|||
T8053-101 | GenDepot | 1L | 118.8 EUR |
10X Tris-Glycine SDS buffer |
|||
T8053-104 | GenDepot | 4 L | 183.6 EUR |
10X Tris-Glycine SDS buffer |
|||
T8053-200 | GenDepot | 4X500ml | 163.2 EUR |
10X Tris-Glycine SDS buffer |
|||
T8053-201 | GenDepot | 2X1L | 162 EUR |
10X Tris-Glycine SDS buffer |
|||
T8053-401 | GenDepot | 4X1L | 206.4 EUR |
1.5M Tris Buffer (pH 8.8) |
|||
T8101-010 | GenDepot | 100ml | 96 EUR |
1.5M Tris Buffer (pH 8.8) |
|||
T8101-050 | GenDepot | 500ml | 105.6 EUR |
1.5M Tris Buffer (pH 8.8) |
|||
T8101-100 | GenDepot | 2x500ml | 121.2 EUR |
100g Tris Base Buffer Powder |
|||
61-233-RM | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 132.24 EUR |
1000g Tris Base Buffer Powder |
|||
61-233-RR | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 220.02 EUR |
5000g Tris Base Buffer Powder |
|||
61-233-RT | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 713.64 EUR |
EDTA Buffer, 1X pH 8.0 |
|||
18-155 | Genesee Scientific | 500ml/Unit | 380 EUR |
EDTA Buffer, 1X pH 8.0 |
|||
18-156 | Genesee Scientific | 1000ml/Unit | 427 EUR |
Tris-EDTA HIER Solution (10x) pH 9.0 |
|||
TES500 | ScyTek Laboratories | 500 ml | 127.2 EUR |
Tris-EDTA HIER Solution (10x) pH 9.0 |
|||
TES999 | ScyTek Laboratories | 1000 ml | 159.6 EUR |
Tris buffer pH 7.4, 1000 ml |
|||
12-9198-10 | Medicago | 1000 ml | 339.6 EUR |
Tris buffer pH 8.0, 1000 ml |
|||
12-9199-10 | Medicago | 1000 ml | 339.6 EUR |
Tris buffer pH 8.3, 1000 ml |
|||
12-9200-10 | Medicago | 1000 ml | 339.6 EUR |
TG Buffer (TRIS-GLYCINE) 10X Solution |
|||
A0028 | Bio Basic | 4L | 113.76 EUR |
10x Tris-Glycine-SDS Buffer Solution |
|||
BA01807 | Bioatlas | 6x100ml | 123.6 EUR |
Tris-Glycine SDS Running Buffer Pack |
|||
AR0139 | BosterBio | 1L/pack (for 5 assyas) | 66 EUR |
1 M Tris Buffer, pH 7.0 |
|||
GR103060 | Genorise Scientific | 200 mL | 118.8 EUR |
1 M Tris Buffer, pH 8.0 |
|||
GR103061 | Genorise Scientific | 200 mL | 118.8 EUR |
1 M Tris Buffer, pH 7.4 |
|||
GR103062 | Genorise Scientific | 200 mL | 118.8 EUR |
0.5 M Tris Buffer, pH 6.8 |
|||
GR103071 | Genorise Scientific | 200 mL | 118.8 EUR |
1.5 M Tris Buffer, pH 8.8 |
|||
GR103072 | Genorise Scientific | 200 mL | 118.8 EUR |
Tris-Triton Cell Lysis Buffer(1X) |
|||
T8200-100 | GenDepot | 100ml | 151.2 EUR |
Tris-Triton Cell Lysis Buffer(1X) |
|||
T8200-500 | GenDepot | 500ml | 206.4 EUR |
1M Tris-HCl Buffer, pH 7.4 |
|||
T9301-050 | GenDepot | 500ml | 144 EUR |
1M Tris-HCl Buffer, pH 8.0 |
|||
T9302-050 | GenDepot | 500ml | 144 EUR |
1M Tris-HCl Buffer, pH 8.5 |
|||
T9303-050 | GenDepot | 500ml | 144 EUR |
TG Buffer (Tris-Glycine) 10X Solution |
|||
UA0028 | Bio Basic | 500ml | 71.28 EUR |
1L Tris-Glycine Electroblotting Buffer 10X |
|||
NAT1240 | Scientific Laboratory Supplies | 1L | 48.79 EUR |
4L Tris-Glycine Electroblotting Buffer 10X |
|||
NAT1242 | Scientific Laboratory Supplies | 4L | 98.04 EUR |
EDTA buffer pH 8.0, 1000 ml |
|||
12-9160-5 | Medicago | 1000 ml | 315.6 EUR |
EDTA buffer pH 8.0, 500 ml |
|||
12-9161-5 | Medicago | 500 ml | 236.4 EUR |
Tris-Glycine buffer pH 8.3, 1000 ml |
|||
12-9122-10 | Medicago | 1000 ml | 105.6 EUR |
Tris-Glycine buffer pH 8.3, 5000 ml |
|||
12-9123-10 | Medicago | 5000 ml | 174 EUR |
TBS buffer (Tris-Buffered Saline), 10x Solution |
|||
A0027 | Bio Basic | 4L | 112.72 EUR |
10xTM buffer (Tris-HCl, Magnesium Sulfate), sterile |
|||
SD8107 | Bio Basic | 1L | 91.32 EUR |
TBS buffer (Tris-Buffered Saline), 10x Solution |
|||
UA00279 | Bio Basic | 500ml | 70.18 EUR |
TBS buffer (Tris-Buffered Saline), 20x Solution |
|||
UA0045 | Bio Basic | 500ml | 80.36 EUR |
1L Tris-Tricine-SDS PAGE Buffer (10X) |
|||
NAT1214 | Scientific Laboratory Supplies | 1L | 177.84 EUR |
1L Tris-Glycine-SDS PAGE Buffer (10X) |
|||
NAT1216 | Scientific Laboratory Supplies | 1L | 52.33 EUR |
4L Tris-Glycine-SDS PAGE Buffer (10X) |
|||
NAT1218 | Scientific Laboratory Supplies | 4L | 101.46 EUR |
EDTA - Saline Buffer (10X Concentrate); pH 8.0 |
|||
ETA010 | ScyTek Laboratories | 10 L | 759.6 EUR |
EDTA - Saline Buffer (10X Concentrate); pH 8.0 |
|||
ETA500 | ScyTek Laboratories | 500 ml | 117.6 EUR |
EDTA - Saline Buffer (10X Concentrate); pH 8.0 |
|||
ETA999 | ScyTek Laboratories | 1000 ml | 142.8 EUR |
RIPA Cell Lysis Buffer (1X) With EDTA |
|||
R4100-010 | GenDepot | 100ml | 121.2 EUR |
RIPA Cell Lysis Buffer (1X) With EDTA |
|||
R4100-050 | GenDepot | 500ml | 348 EUR |
Efektywny rozmiar każdej cząsteczki DNA oszacowano na podstawie jej promienia bezwładności. Obliczone w ten sposób pozorne promienie porów żelu wahały się od 21 nm w żelach zawierających 10.5%T, 5%C do 200 nm w żelach z 4.6%T, 2%C, podobnie jak wartości obserwowane dla żeli poliakrylamidowych odlewanych i eksploatowanych w Tris. bufor boran-EDTA (TBE) (Holmes i Stellwagen, Electrophoresis 1991, 12, 612-619). W związku z tym efektywna wielkość porów żeli poliakrylamidowych jest zasadniczo niezależna od tego, czy żele są odlewane i przetwarzane w buforze TAE czy TBE.