Ruchliwość DNA w swobodnym roztworze w buforach Tris-octan-EDTA

Eksperymenty z klamrą napięcia w mięśniu pokazują, że przewodnictwo chlorkowe w stanie stacjonarnym przy pH 9 pozostaje raczej niezależne od [Cl-]o, dla [Cl-]o w zakresie 165-265 mM. Relacja przewodność-napięcie w stanie ustalonym ma maksimum w pobliżu Vrest -20 mV. Zależność początkowa-przewodność-napięcie uzyskana, gdy napięcie jest odsunięte od stałej wartości kondycjonującej (np. potencjału spoczynkowego) zbliża się do asymptotycznego maksimum dla kroków hiperpolaryzacji i minimum dla kroków depolaryzacji.

Konduktancja spada z czasem, jeśli napięcie testowe jest bardziej ujemne niż potencjał spoczynkowy, ale pozostaje stała, jeśli jest bardziej dodatnie. Gdy napięcie kondycjonowania jest zmienne, a test utrzymywany na stałym poziomie, początkowa przewodność na etapie jest również postrzegana jako sigmoidalna, jeśli etap testu jest hiperpolaryzujący: w przypadku dużych ujemnych etapów kondycjonowania przewodność przy potencjale testowym zbliża się do tej samej wartości asymptotycznej, co relacja stanu ustalonego, niezależna od napięcia testowego.

Przy dodatnich napięciach kondycjonowania zbliża się do maksymalnej asymptoty, która zależy od napięcia testowego.

  • Gdy etap testu ma pozytywny przebieg, początkowa przewodność na etapie jest słabo zależna od napięcia kondycjonującego, a dla dużych ujemnych potencjałów kondycjonowania jest większa niż przewidywana na podstawie relacji stanu ustalonego.
  • Podsumowując, podczas hiperpolaryzacji skoków napięcia przewodność chlorków wydaje się spadać ze względu na zjawisko „bramkowania”, ale przewodność w stanie otwartym wydaje się zależeć od napięcia, a przy potencjałach błonowych bardziej dodatnich niż spoczynkowych gwałtownie (w czasie ustalania zacisku ) przyjmuje wartość prawie niezależną od jakiegokolwiek poprzedzającego (kondycjonującego) napięcia.
  • Ruchliwość w wolnym roztworze DNA o dużej masie cząsteczkowej, liniowego pUC19 i 20-pz oligomeru zwanego dsA5 badano jako funkcję stężenia buforu Tris-octan-EDTA (TAE), z dodatkiem NaCl i bez niego.
  • Dwa DNA migrują jako oddzielne piki podczas elektroforezy kapilarnej, ponieważ ruchliwość liniowego pUC19 jest wyższa niż ruchliwość oligomeru 20 pz. W buforach TAE o stężeniu od 10-400 mM czasy migracji i obszary pików dwóch DNA są niezależne od tego, czy są one poddawane elektroforezie oddzielnie czy w mieszaninach, co wskazuje, że w tych roztworach nie występują interakcje DNA-DNA i DNA-bufor.
  • Czasy migracji dwóch DNA różnią się, a obszary pików nie sumują się, gdy stężenie buforu TAE jest zmniejszone do 5 mM lub poniżej, co wskazuje, że interakcje DNA-DNA i DNA-bufor występują przy bardzo niskich stężeniach buforu TAE.
  • Mobilności liniowych pUC19 i dsA5 zmniejszają się powoli wraz ze wzrostem przewodnictwa lub siły jonowej, gdy przewodnictwo wzrasta przez zwiększenie stężenia buforu TAE. Gdy stężenie buforu Tris jest utrzymywane na stałym poziomie, a przewodnictwo jest zwiększane przez dodanie różnych stężeń NaCl do roztworu, ruchliwości liniowego pUC19 i dsA5 najpierw nieznacznie wzrastają, a następnie uniezależniają się od przewodnictwa roztworu (lub siły jonowej), a na końcu maleją, gdy stężenie NaCl wzrasta powyżej około 50 mM

 Zmiany ruchliwości obserwowane w różnych roztworach TAE i TAE-NaCl są opisane jakościowo przez teorię Manninga, chociaż nie osiągnięto zgodności ilościowej.

Zmierzono również ruchliwości w wolnym roztworze jednoniciowego pUC19 i dwóch 20-zasadowych oligonukleotydów.

Ruchliwość w wolnym roztworze jednoniciowego pUC19 jest około 15% niższa niż natywnego pUC19, zgodnie z innymi wynikami w literaturze. Nieco zaskakująco, ruchliwości jedno- i dwuniciowych 20-merów są równe w buforach TAE z dodatkiem NaCl i bez niego.

Mobilności elektroforetyczne cząsteczek DNA w trzech różnych drabinkach masy cząsteczkowej mierzono w żelach poliakrylamidowych zawierających różne stężenia akryloamidu (%T) i współczynnikach sieciowania (%C), odlewano i puszczano w buforze Trisacetate-EDTA (TAE). Pozorny promień porów każdego żelu oszacowano z wykresów Fergusona względnych ruchliwości każdej z cząsteczek DNA, stosując ruchliwość fragmentu monomeru w każdej drabinie masy cząsteczkowej jako ruchliwość odniesienia .

TAE (Tris-Acetate-EDTA) Buffer (50X)

2116-500 Biovision each 144 EUR

TBE buffer (Tris-Borate-EDTA), 10x Solution

A0026 Bio Basic 4L 112.72 EUR

TBE buffer (Tris-Borate-EDTA), 5x Solution

A00265 Bio Basic 4L 95.33 EUR

TEN (Tris/EDTA/NaCl Buffer), pH 7.2

GR103029 Genorise Scientific 1 L 109.2 EUR

TTE (Tris-TAPS-EDTA Buffer) Premix powder

TD8131 Bio Basic 1PK, 10L 91.32 EUR

TE Buffer (Tris-EDTA), 10X, pH 7.4

USD8211 Bio Basic 500ml 77.23 EUR

TE Buffer (Tris-EDTA), 50X, pH 7.4

USD8212 Bio Basic 500ml 85.06 EUR

TE Buffer (Tris-EDTA), 100X, pH 7.4

USD8214 Bio Basic 500ml 99.67 EUR

TE Buffer (Tris-EDTA), 100X, pH 8.0

USD8311 Bio Basic 500ml 99.67 EUR

TE Buffer (Tris-EDTA), 100X, pH 8.3

USD8411 Bio Basic 1000ml 122.64 EUR

TE Buffer (Tris-EDTA), 100X pH 7.4

18-175 Genesee Scientific 500ml/Unit 362 EUR

TE Buffer (Tris-EDTA), 10X pH 7.4

18-177 Genesee Scientific 500ml/Unit 294 EUR

TE Buffer (Tris-EDTA), 10X pH 7.4

18-178 Genesee Scientific 1000ml/Unit 324 EUR

TE Buffer (Tris-EDTA), 50X pH 7.4

18-181 Genesee Scientific 500ml/Unit 300 EUR

TE Buffer (Tris-EDTA), 100X pH 8.0

18-183 Genesee Scientific 500ml/Unit 362 EUR

TE Buffer (Tris-EDTA), 100X pH 8.3

18-186 Genesee Scientific 1000ml/Unit 429 EUR

pH9 Buffer Solution 500ml

HI5009 Scientific Laboratory Supplies EACH 29.64 EUR

0.5M EDTA

EDTA-150 BioAssay Systems 150 µL 15 EUR

Tris-Borate-EDTA buffer (TBE) pH 8.3, 1000 ml

12-9110-10 Medicago 1000 ml 102 EUR

Tris-EDTA buffer (TE) 10x pH 7.4, 1000 ml

12-9154-10 Medicago 1000 ml 208.8 EUR

TBE buffer (Tris-Borate-EDTA), Premix powder - 1PK(1L)

A0014 Bio Basic 1PK(1L), 1L 73.06 EUR

TBE buffer (Tris-Borate-EDTA), Premix powder - 1PK(4L)

A0024 Bio Basic 4L 95.5 EUR

Tris EDTA Saline, 10mM Tris HCl , 1mM EDTA, 2M Nacl

T8059-010 GenDepot 100ml 91.2 EUR

Tris EDTA Saline, 10mM Tris HCl , 1mM EDTA, 2M Nacl

T8059-050 GenDepot 500ml 100.8 EUR

Tris EDTA Saline, 10mM Tris HCl , 1mM EDTA, 2M Nacl

T8059-101 GenDepot 1L 151.2 EUR

Tris EDTA Saline, 10mM Tris HCl , 1mM EDTA, 2M Nacl

T8150-050 GenDepot 500 ml 100.8 EUR

Tris EDTA Saline, 10mM Tris HCl , 1mM EDTA, 2M Nacl

T8150-801 GenDepot 8L 144 EUR

SLS pH Buffer Clear pH9 1L

PHB1218 Scientific Laboratory Supplies EACH 39.9 EUR

SLS pH Buffer Clear pH9 500ml

PHB1324 Scientific Laboratory Supplies EACH 21.99 EUR

SLS pH Buffer Clear pH9 5L

PHB1334 Scientific Laboratory Supplies EACH 119.7 EUR

Mettler Buffer Sachets pH9 21 Pk30

PHM0146 Scientific Laboratory Supplies PK30 70.11 EUR

Tris-Borate-EDTA buffer (TBE) 5x pH 8.3, 1000 ml

12-9111-10 Medicago 1000 ml 174 EUR

Tris-Borate-EDTA buffer (TBE) 10x pH 8.3, 1000 ml

12-9112-10 Medicago 1000 ml 258 EUR

Tris-Acetate-EDTA buffer (TAE) 50x pH 8.3, 1000 ml

12-9144-5 Medicago 1000 ml 606 EUR

Tris-Acetate-EDTA buffer (TAE) 50x pH 8.3, 500 ml

12-9145-5 Medicago 500 ml 360 EUR

0.5M Tris Buffer (pH6.8)

T8102-010 GenDepot 100ml 96 EUR

0.5M Tris Buffer (pH6.8)

T8102-050 GenDepot 500ml 105.6 EUR

0.5M Tris Buffer (pH6.8)

T8102-100 GenDepot 2x500ml 121.2 EUR

10X Tris-Glycine Native Buffer (Transfer buffer)

T8052-050 GenDepot 500ml 96 EUR

10X Tris-Glycine Native Buffer (Transfer buffer)

T8052-100 GenDepot 2X500ml 124.8 EUR

10X Tris-Glycine Native Buffer (Transfer buffer)

T8052-101 GenDepot 1L 114 EUR

10X Tris-Glycine Native Buffer (Transfer buffer)

T8052-200 GenDepot 4X500ml 153.6 EUR

10X Tris-Glycine Native Buffer (Transfer buffer)

T8052-201 GenDepot 2X1L 153.6 EUR

10X Tris-Glycine Native Buffer (Transfer buffer)

T8052-401 GenDepot 4X1L 198 EUR

TT Buffer (Tris-Tricine buffer) Primix powder

TD8133 Bio Basic 1PK, 10L 91.32 EUR

10 x TBE (Tris/Borate/EDTA)

A00269 Bio Basic 500ml 67.63 EUR

10x Tris-Glycine Buffer Solution

BA01806 Bioatlas 6x100ml 116.4 EUR

Tris-Glycine SDS Buffer Pack

AR1149 BosterBio 1L/pack 66 EUR

10X Tris-Glycine SDS buffer

T8053-050 GenDepot 500ml 102 EUR

10X Tris-Glycine SDS buffer

T8053-100 GenDepot 2X500ml 133.2 EUR

10X Tris-Glycine SDS buffer

T8053-101 GenDepot 1L 118.8 EUR

10X Tris-Glycine SDS buffer

T8053-104 GenDepot 4 L 183.6 EUR

10X Tris-Glycine SDS buffer

T8053-200 GenDepot 4X500ml 163.2 EUR

10X Tris-Glycine SDS buffer

T8053-201 GenDepot 2X1L 162 EUR

10X Tris-Glycine SDS buffer

T8053-401 GenDepot 4X1L 206.4 EUR

1.5M Tris Buffer (pH 8.8)

T8101-010 GenDepot 100ml 96 EUR

1.5M Tris Buffer (pH 8.8)

T8101-050 GenDepot 500ml 105.6 EUR

1.5M Tris Buffer (pH 8.8)

T8101-100 GenDepot 2x500ml 121.2 EUR

100g Tris Base Buffer Powder

61-233-RM Scientific Laboratory Supplies EACH 132.24 EUR

1000g Tris Base Buffer Powder

61-233-RR Scientific Laboratory Supplies EACH 220.02 EUR

5000g Tris Base Buffer Powder

61-233-RT Scientific Laboratory Supplies EACH 713.64 EUR

EDTA Buffer, 1X pH 8.0

18-155 Genesee Scientific 500ml/Unit 380 EUR

EDTA Buffer, 1X pH 8.0

18-156 Genesee Scientific 1000ml/Unit 427 EUR

Tris-EDTA HIER Solution (10x) pH 9.0

TES500 ScyTek Laboratories 500 ml 127.2 EUR

Tris-EDTA HIER Solution (10x) pH 9.0

TES999 ScyTek Laboratories 1000 ml 159.6 EUR

Tris buffer pH 7.4, 1000 ml

12-9198-10 Medicago 1000 ml 339.6 EUR

Tris buffer pH 8.0, 1000 ml

12-9199-10 Medicago 1000 ml 339.6 EUR

Tris buffer pH 8.3, 1000 ml

12-9200-10 Medicago 1000 ml 339.6 EUR

TG Buffer (TRIS-GLYCINE) 10X Solution

A0028 Bio Basic 4L 113.76 EUR

10x Tris-Glycine-SDS Buffer Solution

BA01807 Bioatlas 6x100ml 123.6 EUR

Tris-Glycine SDS Running Buffer Pack

AR0139 BosterBio 1L/pack (for 5 assyas) 66 EUR

1 M Tris Buffer, pH 7.0

GR103060 Genorise Scientific 200 mL 118.8 EUR

1 M Tris Buffer, pH 8.0

GR103061 Genorise Scientific 200 mL 118.8 EUR

1 M Tris Buffer, pH 7.4

GR103062 Genorise Scientific 200 mL 118.8 EUR

0.5 M Tris Buffer, pH 6.8

GR103071 Genorise Scientific 200 mL 118.8 EUR

1.5 M Tris Buffer, pH 8.8

GR103072 Genorise Scientific 200 mL 118.8 EUR

Tris-Triton Cell Lysis Buffer(1X)

T8200-100 GenDepot 100ml 151.2 EUR

Tris-Triton Cell Lysis Buffer(1X)

T8200-500 GenDepot 500ml 206.4 EUR

1M Tris-HCl Buffer, pH 7.4

T9301-050 GenDepot 500ml 144 EUR

1M Tris-HCl Buffer, pH 8.0

T9302-050 GenDepot 500ml 144 EUR

1M Tris-HCl Buffer, pH 8.5

T9303-050 GenDepot 500ml 144 EUR

TG Buffer (Tris-Glycine) 10X Solution

UA0028 Bio Basic 500ml 71.28 EUR

1L Tris-Glycine Electroblotting Buffer 10X

NAT1240 Scientific Laboratory Supplies 1L 48.79 EUR

4L Tris-Glycine Electroblotting Buffer 10X

NAT1242 Scientific Laboratory Supplies 4L 98.04 EUR

EDTA buffer pH 8.0, 1000 ml

12-9160-5 Medicago 1000 ml 315.6 EUR

EDTA buffer pH 8.0, 500 ml

12-9161-5 Medicago 500 ml 236.4 EUR

Tris-Glycine buffer pH 8.3, 1000 ml

12-9122-10 Medicago 1000 ml 105.6 EUR

Tris-Glycine buffer pH 8.3, 5000 ml

12-9123-10 Medicago 5000 ml 174 EUR

TBS buffer (Tris-Buffered Saline), 10x Solution

A0027 Bio Basic 4L 112.72 EUR

10xTM buffer (Tris-HCl, Magnesium Sulfate), sterile

SD8107 Bio Basic 1L 91.32 EUR

TBS buffer (Tris-Buffered Saline), 10x Solution

UA00279 Bio Basic 500ml 70.18 EUR

TBS buffer (Tris-Buffered Saline), 20x Solution

UA0045 Bio Basic 500ml 80.36 EUR

1L Tris-Tricine-SDS PAGE Buffer (10X)

NAT1214 Scientific Laboratory Supplies 1L 177.84 EUR

1L Tris-Glycine-SDS PAGE Buffer (10X)

NAT1216 Scientific Laboratory Supplies 1L 52.33 EUR

4L Tris-Glycine-SDS PAGE Buffer (10X)

NAT1218 Scientific Laboratory Supplies 4L 101.46 EUR

EDTA - Saline Buffer (10X Concentrate); pH 8.0

ETA010 ScyTek Laboratories 10 L 759.6 EUR

EDTA - Saline Buffer (10X Concentrate); pH 8.0

ETA500 ScyTek Laboratories 500 ml 117.6 EUR

EDTA - Saline Buffer (10X Concentrate); pH 8.0

ETA999 ScyTek Laboratories 1000 ml 142.8 EUR

RIPA Cell Lysis Buffer (1X) With EDTA

R4100-010 GenDepot 100ml 121.2 EUR

RIPA Cell Lysis Buffer (1X) With EDTA

R4100-050 GenDepot 500ml 348 EUR

Efektywny rozmiar każdej cząsteczki DNA oszacowano na podstawie jej promienia bezwładności. Obliczone w ten sposób pozorne promienie porów żelu wahały się od 21 nm w żelach zawierających 10.5%T, 5%C do 200 nm w żelach z 4.6%T, 2%C, podobnie jak wartości obserwowane dla żeli poliakrylamidowych odlewanych i eksploatowanych w Tris. bufor boran-EDTA (TBE) (Holmes i Stellwagen, Electrophoresis 1991, 12, 612-619). W związku z tym efektywna wielkość porów żeli poliakrylamidowych jest zasadniczo niezależna od tego, czy żele są odlewane i przetwarzane w buforze TAE czy TBE.